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SNOMED CT TAIWAN 2025 國際研討會暨工作坊

 

如何閱讀及使用SNOMED CT的資料檔& SNOMED CT Browser術語查詢與實作演練

工研院生醫所 李建儒經理/基隆長庚醫院 黃若褘 醫師

  1. 如何閱讀及使用SNOMED CT的資料檔  
  2. SNOMED CT Browser術語查詢與實作演練

前面已經有兩位專業且具有多年實務經驗的講師帶領各位瞭解SNOMED CT基礎與醫院資訊系統導入應用,工研院生醫所李建儒經理則偏重從實作角度,運用前面講師所介紹的概念、架構,來實際的對應到取得SNOMED CT資料集後,該怎麼運用,以及串接HIS系統與資料庫,進行相關AI、病例分析等深入說明。並請大家運用SNOMED CT官方資料庫軟體,教大家一起就醫院病例資料來進行疾病分類、疾病特徵等分析。

首先請大家至臺灣醫療資訊標準大平台下載SNOMED CT 資料集,請先註冊個人使用帳號、設定密碼以及電話後,會收到簡訊驗證碼,再填覆到平台確認欄位中,就可以完成帳號註冊,然後就能下載SNOMED CT資料集。平台每月更新資料,確保即時性。目前三大標準:SNOMED CT、LOINC、RxNorm相關資料都可以在平台上找到並下載。

圖一、臺灣醫療資訊大平台入口網站

 

註冊完成後,可在三大標準下載區下載SNOMED CT資料集,資料集會是一個壓縮檔,解壓縮後可先就Full資料夾,找到Description,所有Concept ID描述總表,另一個是所有Concept ID的Relationship檔案,可協助以關聯性來串接。舉例來說,「糖尿病」是Concept ID,「第二型糖尿病」則是其Source ID。這種設計能將廣泛概念與細緻描述串聯,形成從大到小的完整醫學關聯。此外,不同「Concept ID」間也可建立關係,或描述其發生原因。透過搜尋功能,系統會顯示相關能力詞等資訊。使用者可進一步查看特定疾病的所有關聯資訊,包含其發生器官、部位或型態(如發炎、缺血)。

 

圖二、SNOMED CT 國際版發行包下載介面

 

SNOMED CT在資料呈現上,以視覺化、關聯、樹狀圖方式呈現,資料集也支援客製化使用者介面(UI)開發,並可整合至現有HIS系統或開發獨立查詢功能。

圖三、SNOMED CT Concept ID 關係圖,從形態到發病部位

 

請大家搜尋「SNOMED CT Browser」或是掃描螢幕上QRcode,會進到SNOMED CT官方資料庫,也是待會兒工作坊小遊戲會需要用到的查詢工具。進入網站後會看到相關使用宣告,然後選擇適宜使用的版本,就可以進行相關SNOMED CT搜尋,只要輸入一個碼,就會帶出相關Concept ID。後面請黃若禕醫生帶領大家從實際醫療病例來解析SNOMED CT碼並進行實作小遊戲。

圖四、SNOMED CT Browser 全球版本瀏覽與查詢工具

我們都了解心臟有四個腔室,兩個心房、兩個心室,分左右,並確保正確的心室將血液打到正確的動脈,以維持正常循環。然而,有時候嬰兒出生時心臟功能異常,例如血管接錯位置,導致嚴重的循環問題,需要進行手術,將右心室接回肺動脈,才能正常肺循環和體循環。傳統醫療體系中,我們依賴健保提供的醫令碼。例如,針對心臟手術,當我完成一台手術並輸入代碼680421,它可能只籠統地說明適用於「法洛氏四合症」或「先天性肺動脈發育不全」等狀況。這些資訊對電腦而言不夠精確,因為它無法理解這些疾病的具體細節。下面藍色框內的就是SNOMED CT碼,包含這些細節碼才能讓系統理解手術包含哪些項目與編碼。

圖五、SNOMED CT 在臨床醫令與診斷代碼(ICD)之間的應用範例,以「Rastelli operation」為例

 

圖六、SNOMED CT 臨床語彙階層展示:右心室至肺動脈導管連接術 (Rastelli Operation)

 

所以我們進入「SNOMED CT Browser」,輸入44777001,會出現手術方法,以及心臟結構異常、心室間隔缺損等上、下層等關聯性項目,這樣可以讓電腦系統懂手術用了哪些方法,以及包含哪些。簡單的例子就是,政府給我一個身份證字號,你不會知道我爸媽是誰,但被SNOMED CT編碼之後,就可以知道我爸媽是誰,甚至我是自然產、剖腹產的都可以知道。所以手術、疾病對接上SNOMED CT之後,就可以知道手術方法以及相關階層關聯性項目,把複雜的醫療過程以SNOMED CT編碼歸類對應。

接著,進入SNOMED CT實作小遊戲,請在場參與者先用手機搜尋「SNOMED CT Browser」,進入資料庫來查找SNOMED CT編碼。總共有8題選擇題,包含單、複選,現場總計超過140位參賽者,最後在比手速及團隊合作之下,出現前20名優勝者,由衛福部資訊處李建璋處長,頒發獎狀與獎品。透過本次實作遊戲,快速驗證SNOMED CT對照病例的準確性,同時也讓參與者實際體驗到SNOMED CT標準化後對醫療資訊效益的提升。

 

SNOMED CT 資料分析情境示範
SNOMED CT Data Analytics Demonstrator

工研院生醫所 王亨傑/大里仁愛醫院 何明芝 醫師

 

來到工作坊最後一個環節,工研院王享傑工程師說明如何利用現有的病歷資料和專業知識,進行更深入的資料分析。首先,王享傑工程師提出取得真實病患資料進行研究面臨許多挑戰,像是嚴格的個資法和隱私保護議題,以及繁瑣的申請流程,例如需要填寫詳細的聲明書並遵循資料使用規定。

因此,可以運用Synthea,一個合成病患資料產生器,它能夠在沒有真實資料的情況下,產生高度擬真、符合真實世界數據分佈的病患資料。Synthea整合了美國的人口統計、疾病統計(發病率/盛行率),甚至臨床照護流程和各地醫療機構的數據等公開統計資訊,確保合成資料的真實性。它能產生從出生到死亡的完整生命週期病患資料,並支援FHIR等資料格式。

圖七、Synthea 開源模擬人口健康與臨床流程的資料平台

Synthea的核心機制是疾病模組,它將現實世界的疾病進展和治療過程編碼成機率規則。目前已支援超過950種疾病模組,每年定期更新以納入新的統計數據。研究人員可以透過線上Module Builder瀏覽官方模組,甚至客製化參數,例如調整罕見疾病的狀態轉移機率或指定特定年齡層。

而在操作上,Synthea提供簡單的指令行介面,用戶可以指定產生病患數量(從數百到百萬),並利用參數確保資料的再現性。此外,還可以指定特定地區、疾病(如肺癌或多種疾病,甚至以關鍵字篩選)以及患者年齡區間來生成符合需求的合成資料。因此我們可以運用Synthea來進行更深入的資料分析。

回到SNOMED CT應用,如果臨床病歷資料已整合SNOMED CT,將能進行許多情境應用,SNOMED CT官方網站上展示了許多專家貢獻的應用範例,並提供線上演示。這些工具和專案極大地提升了醫療資料研究的便利性和效率。例如,SNOMED CT與ICD-10術語轉換與映射查找對應工具,這對於同時使用兩種編碼系統的醫療機構非常實用。另一個例子是過敏資訊表單與SNOMED CT術語系統整合功能,透過輸入過敏資訊,根據部分輸入詞彙,可智慧化的推薦最相似的SNOMED CT詞彙,並自動預填FHIR資源的預設欄位,簡化資料輸入流程,還能將傳統電子病歷轉換為符合FHIR標準的開源專案,有助於醫療資料的互通性。

接著下來,由大里仁愛醫院的何明芝醫師,為大家從臨床醫師的觀點來介紹SNOMED CT – Snolytical (資料分析示範專案),三大分析功能,依照不同使用需求:療法比較、病患分群比較、 時序分析進行介紹。

 

Snolytical主要有三大功能:

  • 第一是療法比較 (Treatment Comparison)

這個功能旨在分析不同藥物的療效與安全性,或是評估單一治療對病人的效果與安全性。舉例來說,我們曾分析使用Warfarin 藥物的病人,是否會有較高的胃潰瘍機率。數據顯示,使用Warfarin 的病人確實有較高機率造成胃潰瘍。然而,這僅是資料庫分析的「相關性」,並非「因果關係」,病人可能本身就有胃潰瘍,只是恰好使用了該藥。作為眼科醫師,我也利用此功能。黃斑部水腫嚴重影響視力,但傳統眼底鏡因是2D平面圖,難以有效診斷。我們以OCT檢查和黃斑部水腫作為分析項目,結果顯示,經由OCT檢查,黃斑部水腫的診斷率從原本的0.19%顯著上升至5.88%,這證實了OCT在診斷黃斑部水腫方面的有效性。

  • 第二是病患分群比較 (Patient Cohort Comparison)

此功能可以幫助我們識別影響疾病發生或死亡率的各種因素。例如,當病人因肺炎就診,我們想知道是否有潛在問題導致此狀況,如糖尿病、高血壓或抽菸。透過輸入肺炎或死亡率作為結果,並選擇不同的病患族群進行比較。我們發現,抽菸的病人與COPD患者有更高的機率罹患肺癌。更進一步分析,不論男女,只要有抽菸習慣,都是肺癌的高風險群。

  • 第三是時序分析 (Longitudinal Comparison)

這項功能讓我們能觀察疾病的長期趨勢,或評估醫療儀器的應用效益。以COVID-19疫情為例,我們分析了從2010年到2025年的數據,發現在2022年中到2023年下半年期間,發燒和COPD的診斷率確實有所上升。此外,我們也觀察到近年來糖尿病患者比例逐年增加,連帶地,糖尿病引起的視網膜病變比例也持續增加。從醫院管理的角度來看,如果我們想採購一台OCT儀器,主管會質疑其效益。若從分析顯示來看,自2009年引進OCT後,其診斷率持續上升,相較於眼底鏡的持平狀況,這能向醫院證明OCT對病人診斷確實有實質幫助。

圖八、從療法到病群,Snolytical 的三大分析功能

 

綜合以上,Synthea & Snolytical 作為開源工具,能協助我們將醫療數據整合、結構化,並透過這些功能進行深入分析,發掘潛在價值,最終實現資料治療的目的。這些簡易功能可作為起點,鼓勵大家探索並開發更進階、複雜的應用。

 

 

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